Severus (saint Sever) est un noble scythe envoyé par le pape avec six compagnons pour évangéliser la Novempopulanie. Il connut le martyre en 410 et est enterré à Saint-Sever. Son tombeau, sur lequel se sont prodigués des miracles, attire de nombreux pèlerins et un monastère est fondé à une date incertaine autour de l’an 800 par des moines bénédictins.
Cette église fut détruite au temps de Charlemagne ou de Louis le Pieux et, après une première restauration, de nouveau ravagée par les Normands. La vie monastique n'est réintroduite que par le comte de Gascogne, Guillaume Sanche à la fin du Xème siècle.
Vers 1060-1065, les bâtiments monastiques et l'église sont brulés. De nouveaux bâtiment sont alors élevés rapidement puisque le maître-autel est consacré en 1072. L'abbaye est soumise à Saint-Victor de Marseille par un décret du 12 mai 1087.
En 1297, une bastide est installée à proximité. L'abbaye fut à cette époque l'une des plus puissantes du Sud-Ouest. Elle étendait ses possessions dans les diocèses d'Aire-sur-Adour, de Dax, d'Agen et de Bordeaux. Après cette période de prospérité de deux siècles, l'abbaye connut une période sombre : au cours des guerres incessantes que se livrèrent Anglais et Français pour le contrôle de la Gascogne, les troupes françaises occupèrent Saint-Sever en 1295 après un siège de trois mois, puis en 1360 et en 1435. Cette dernière occupation par les troupes royales de Charles VII vit l'incendie de l'abbaye. Durant cette période de trois siècles marquées par la guerre, l'abbaye souffrit aussi de la nature : en 1372, elle subit les conséquences d'un tremblement de terre.
Pendant les guerres de Religion, vers 1569-1570, une bande de huguenots aux ordres du comte de Montgomery, s'installa pendant onze mois dans l'abbaye : le trésor fut pillé, l'église vandalisée, quelques voûtes du sanctuaire s'effondrèrent. À la suite du Concile de Trente, l'abbaye passe à la Congrégation des Exempts puis, suite à l'interdiction de celle-ci, l'abbé Guillaume de Richard en fait une abbaye mauriste par contrat le 24 juillet 1646.
Restaurée par les moines à la fin du XVIème siècle et remaniée au XVIIIème siècle, l’abbaye devient bien national le 2 novembre 1789. À ce titre, elle est vendue en 1792 à la famille Mérens qui, une fois la Révolution passée, transforme son nom en de Mérens et appelle l'abbaye « le château ». En 1815, l'orgue de l'abbaye est attribué à la paroisse de l'église Saint-Jean de Tarbes, sur décision du ministre de l'intérieur. Face à l'hostilité des habitants du village, le préfet des Hautes-Pyrénées aura recours à la force : le 10 décembre, il envoie 500 soldats et deux pièces d'artillerie sous la conduite du général de Lintihiac, qui commande alors la place de Tarbes. En 1890, le cloître de l’abbaye, sur le point d’être vendu à des marchands d’antiquités, est acheté par la ville de Tarbes et transporté dans le Jardin Massey. L’abbaye est classée à l’inventaire des monuments historiques en 1914. Ce classement concerne « l'église, la sacristie et l'ensemble des monuments abbatiaux ». En 1938, l'obtention d'une subvention permet de remettre à neuf les toitures du pavillon central et de l'église. Le 21 mai 1941, les toitures de l'aile nord de l'abbaye s'écroulent. Elles ne font pas partie du classement et resteront donc à l'état de ruine.